自2013年11月水科院開展“三個專項”整治工作以來，院機關、院屬單位按照院黨組部署的專項整治任務，設立工作機構，立說立行，邊查邊改，狠抓落實，一些群眾反映較多的問題得到有效整改，專項整治行動取得階段性成效。

一是嚴控三公經費支出，制度保障進一步完善。在全院集中開展了“三公”經費專項整治自查自糾、整改抽查活動。重點檢查“三公”經費預算執行情況。2013年，全院公務接待費開支顯著下降，公車購置和運行維護費用控制合理，因公出國（境）經費未突破預算。院專項工作小組對部分單位進行了抽查和督促整改。各單位針對自查自糾中查擺的問題，認真分析原因，扎實推進整改。一方面采取針對性管控措施。如：公務接待安排在食堂就餐，嚴格控制陪同人數；通過招標主動實行“公務用車三定點”（定點保險、定點加油、定點維修）制度；嚴格按預算控制因公出國（境）支出等。另一方面強化制度建設。目前，院及院屬單位制、修訂了《公務接待和考察調研實施辦法》、《因公出國學習、進修和培訓管理暫行規定》、《經費支出審批管理辦法》等一批規章制度，進一步完善了全院對嚴控三公經費的制度保障。

二是定位科研不端行為根源，監管懲戒進一步加強。在全院深入開展科研不端行為專項整治活動。在全院范圍內發放了《學術腐敗行為調查問卷》，就學術腐敗行為具體表現、影響程度、產生原因、防治措施和相關建議進行深入調查，匯總分析調查結果，形成《院學術腐敗行為調查情況報告》。院成立了專項檢查組，就各研究所落實科研行為不端專項整治工作進行了督察。按照針對行為根源對癥下藥的整改原則，院制定印發了《科研不端行為監督管理辦法（試行）》，進一步強化了全院對科研不端行為的監管懲戒力度。