上海市海洋牧場示范區建設旨在建立一塊具有治理長江口水域荒漠化、修復改善長江口中華鱘的棲息環境、保護中華鱘等珍稀瀕危水生生物資源、養護刀鱭、鰻苗、蟹苗等長江口特有經濟漁業資源，以及提高河口生物多樣性、調整長江口產業結構、促進長江口經濟持續健康發展等諸多功能的特色河口型海洋牧場，為長江口水域生態修復和資源修復工作開拓新的工作措施，形成新的養護模式。

上海市海洋牧場示范區位于長江口崇明島東灘水域、上海市長江口中華鱘自然保護區的實驗區內，面積為14.4平方千米。示范區定位為資源生態保護型海洋牧場，一是通過人工魚礁建設、海草移植和底棲生物底播等方式，修復、優化和保護中華鱘等珍稀瀕危水生生物及刀鱭、鳳鱭、大銀魚和銀鯧等重要經濟種類的棲息地、產卵場和索餌場，加強水生生物早期生物史階段的養護，提高中華鱘等水生生物數量及資源補充量，促進漁業資源的養護與恢復；二是通過海草場移植，治理長江口水域荒漠化、提高水域的初級生產力。

2009年起，上海市共申請“漁業資源保護和轉產轉業項目”中“上海市海洋牧場示范區建設項目”5次，由保護區管理處執行了2009年度、2012年度、2013年度、2014年度、2015年度五個年度的項目建設任務，各項建設工作平穩有序，資源養護措施落實到位。多年來，中央財政共計投入項目資金1600萬元。

上海市海洋牧場示范區填補了上海市海洋牧場建設的空白，首次開展了我國典型重要河口水域以珍稀瀕危物種和重要漁業資源早期生物史階段的生物養護為特色的資源生態保護型海洋牧場建設的探索與實踐。

海洋牧場示范區以人工魚礁建設、海草場移植和底棲生物底播為主要舉措，取得了較為顯著的生態效益與經濟效益。共計建設了人工魚礁275萬空方，其中，人工魚礁包括以竹樁為材質“竹陣魚礁”（已取得了發明專利）和以混凝土樁為材質的圓臺型灘涂構建礁，均為獨創的河口型人工魚礁，具有牢固、安全、施工便利、聚集生物、提供棲息環境的特點，為河口區的人工魚礁建設提供了示范作用。

示范區建設項目共移植了海草場4.25公頃，移植的海草為海三棱藨草。海三棱藨草為長江口濕地植物的優勢種，是濕地植被演替過程中的先鋒植物，且可以促使泥沙淤積，起到促淤成陸的作用。隨著海三棱藨草種群密度的增加，其與潮水的摩擦使近底流速減少16%～71%，波浪傳入植被群落后能量迅速降低，因此產生其對潮水的緩流效應，能有效加快懸沙沉積速率，從而增加灘涂淤漲速度，從而加速灘涂植被向更高級階段發展。此外，因其具有很強的抗風暴潮能力，大面積的海三菱藨草的生長可顯著降低灘涂受海浪的侵蝕作用。海三棱藨草群落還是魚類等水生生物產卵的附著基，以及幼魚的棲息和索餌場。

示范區建設項目底播的底棲生物為本地物種，包括河蜆、縊蟶和日本刺沙蠶。共底播了規格500粒～800粒/公斤的河蜆302噸，規格500粒～1000粒/公斤的縊蟶44噸，規格300尾～500尾/公斤的日本刺沙蠶8.2噸，共計354.2噸。苗種以行船撒播的方式底播于人工魚礁區域內。

根據上海市人民政府《上海市長江口中華鱘自然保護區管理辦法》，保護區管理處設有監督檢查科，專門從事保護區內執法檢查工作，通過巡航檢查、行政處罰等手段，能夠對示范區水域做到常年監管，制止或者處罰破壞示范區設施、資源環境的行為。結合保護區封區管理的措施（每年5月1日～9月30日為封區管理期），期間禁止一切捕撈作業，能夠保障示范區的資源養護工作。

根據幾年來的跟蹤資源監測和效果評估，示范區建設取得了生物聚集、底棲生物增殖，濕地植被恢復的生態修復作用，起到了提供生物棲息環境和餌料資源的牧場效果，在增加生物多樣性、增加生物資源、緩解水域荒漠化方面起到了積極作用，達到了實現社會效益和生態效益的項目目標，起到了資源生態保護型海洋牧場示范的效果。