在獲得巨大收益的同時，大規模地利用填海造地來發展工業經濟也給日本帶來了巨大的后遺癥。日本環境廳曾發表的調查數字顯示，自1945年到1978年，日本全國各地的沿海灘涂共減少了約3.9萬公頃，此后每年仍然以約2000公頃的速度消失。而最明顯的問題還應屬海洋污染，很多靠近陸地的水域里已經沒有了生物活動。同時，由于海岸邊都是工廠和砌著混凝土圍墻，人們已經很難接近岸邊、看到海岸的情況。整個日本的近海海域在經歷了20世紀六七十年代的嚴重工業污染之后，盡管政府開始立法要求各工廠和城市限制排污，并使情況得到了一定程度的緩解，但是要恢復以前的情況已經變得非常困難。

在東京、大阪等港口地區，由于海岸線都被垂直建筑所取代，使可以平衡海洋生態的海洋生物無法棲息在海岸邊。其實這種情況在日本全國都不同程度地存在著。而由于許多地方都已經沒有了自然的海岸線，取而代之的是各種混凝土擋墻和大壩，而工廠和城市長期排放污染物使得硫酸還原菌等細菌大量滋生，海底更是完全變了模樣，不但生物無法生存，更大量出現了赤潮的情況。過度的填海造地還導致了日本一些港灣外航道的水流明顯減慢、天然濕地減少、海岸線上的生物多樣性迅速下降。由于海水自凈能力的減弱，水質也日益惡化。總體來講，整個日本的近海海域在經歷了20世紀六七十年代的嚴重工業污染，要恢復到此前的生態環境已經非常困難。

為改善環境、遏制環境污染的勢頭，一方面，日本希望能利用科技的發展為環境的恢復做出努力。日本為此專門設立了再生補助項目。日本各種海洋環保研究機構不斷進行各種試驗，希望能夠找到一些恢復生態環境的好方法，這些試驗包括人造海灘、人造海岸、人造海洋植物生存帶等，目前已取得了一定的成效。但是，恢復受損環境是一項長期的工作，需要巨大的資金投入和其他投入，所以日本政府也邀請了世界各地的海洋、環保學者，并提供資金和設備進行研究和試驗。

另一方面，日本政府也加強了對填海造地及海洋環境的管理。按照日本現有法律規定，如果要進行填海造地工程，地方政府要首先組織各方人員進行廣泛調查，其中最主要的內容就是了解填海將對周圍環境造成怎樣的影響，隨后把報告再提交環境省審批。如今日本國內新的填海工程申請基本被禁止，只是城市垃圾的填埋有時會被考慮在內。對已經開工和計劃開工建設的填海工程，日本政府會在施工過程中實施定期監督，其中包括對施工海域的環境調查、對生物多樣性的調查以及其他環境保護措施。對于恢復環境的工作思路，日本政府則充分全面地考慮了樹木、水和人三者之間的和諧，試圖建立生物多樣性的生態環境。例如在20世紀80年代，地處神戶地區的日本鋼鐵公司搬走后，兵庫縣及下轄尼崎市政府很快出錢把工廠空地買了下來，通過努力使其在20年后成為了一塊綜合性綠地。對于恢復環境的具體方式，日本政府考慮了多種樹木，選擇了不同樹種，采用了在靠海的地方植種比較高大的樹用來防風等方法。(來源: 中國海洋網)