因為超額捕撈藍鰭金槍魚，日本受到國際上的嚴厲指責。為此，日本水產廳決定重新考慮國內現行的藍鰭金槍魚管理方式（關于“指定漁業許可和取締等省令”（1963年農林水產省第5號）），實施個別配額管理制度（IQ）。該制度含有4方面內容：1、日本農林水產省對漁船捕撈量實施配額制度，禁止超額捕撈；2、捕撈藍鰭金槍魚必須貼上含有捕撈漁船名和順序號的標簽；3、卸貨和轉載漁獲物時必須提供標簽；4、禁止攜帶、加工和銷售超額捕撈藍稽金槍魚的產品。如若違反，將處以或“停船”，或2年以下拘留，或50萬日元以下的罰款。

養護藍鰭金槍魚保存委員會（ CCSBT）決定2005年藍鰭金槍魚總捕撈配額為1.408萬噸，其中日本的配額為6065噸。一直以來日本是通過抽簽方式在國內進行配額再分配，但是在去年的CCSBT會議上，澳大利亞指責日本漁船有超額捕撈行為，后經過日本內部調查，確證了事實，為此，日本水產廳決定改變過去的管理模式，在本來的配額中減掉超額捕撈部分后，再向國內漁船個別分配。

對于超額捕撈行為，日本政府表示：多年來日本在國際上的形象一直是保護漁業資源的先鋒，而這種姿態在國內也應該一樣。為了確保日本在國際漁業舞臺上的地位，決不允許有損形象的行為發生。

另外，針對澳大利亞指責日本漁船對天然藍鰭金槍魚有超額捕撈行為及日澳雙方對養殖藍鰭金槍魚的調查報告存有爭議，日本和澳大利亞達成共識，決定從今年3月份開始聯合調查藍鰭金槍魚的市場流通和養殖情況等。雙方各派兩名專家組成團組進行調查，調查結果將在今年7月份召開的“特別會晤”上提交。