高性能計(jì)算
生物技術(shù)研究中心專門搭建了生物信息學(xué)平臺, 包括了機(jī)架式服務(wù)器和集群兩種環(huán)境，全部由HP和DELL服務(wù)器組成，采用高密度、高可靠、高可用、低功耗的體系結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)。主要面向基因組分析、轉(zhuǎn)錄組分析和遺傳育種分析等諸多研究提供高效穩(wěn)定的計(jì)算服務(wù)。
目前，生物技術(shù)研究中心具有機(jī)架式服務(wù)器7臺，集群系統(tǒng)1套，盤陣2套共72TB。計(jì)算網(wǎng)絡(luò)采用40Gbps的InfiniBand 的高性能通信網(wǎng)絡(luò)。生物信息學(xué)平臺安裝豐富的軟件使用環(huán)境，讓數(shù)據(jù)更方便快捷。
信息學(xué)平臺規(guī)章制度與相關(guān)表格
為確保生物技術(shù)研究中心生物信息學(xué)平臺（以下簡稱“平臺”）計(jì)算資源的合理、高效與規(guī)范使用，保證中
心科研工作順利開展，特制定生物技術(shù)研究中心生物信息學(xué)平臺管理辦法。詳細(xì)管理辦法請下載參閱。
為使用中心的生物信息學(xué)平臺，新用戶需填寫開戶申請單。因復(fù)雜運(yùn)算需要，如需要申請更多計(jì)算資源，請
填寫復(fù)雜運(yùn)算申請表。
服務(wù)器
|
處理器 |
內(nèi)存 |
硬盤 |
機(jī)架式服務(wù)器 |
4路8核 |
1T |
1T |
機(jī)架式服務(wù)器 |
4路6核 |
256G |
1T |
機(jī)架式服務(wù)器 |
2路4核 |
24G |
2T |
機(jī)架式服務(wù)器 |
2路4核 |
36G |
400G |
集群 |
8X4路8核 |
8X 256G |
8X 600G |
盤陣
|
帶寬 |
硬盤 |
盤陣1 |
1Gbps |
24TB |
盤陣2 |
40Gpbs |
48TB |
軟件列表
|
|
比對軟件 |
Blast, blat, lastz, BWA, SMALT, Bowtie, Mummer, Clustalw, Muscle, SOAP, MAQ, Genewise |
基因組組裝軟件 |
Newbler， SOAPdenovo， ALLPATH-LG, Velvet, CAP3, ABySS, SSPACE, SOPRA，MIP scaffolder, Opera |
轉(zhuǎn)錄組組裝軟件 |
Trinity， Cufflink， SOAPdenovo-trans |
基因預(yù)測 |
AUGUSTUS，EVM，PASA，Glimmer, GenScan, GeneMark |
基因注釋 |
Blast2GO, Interproscan |
重復(fù)序列識別軟件 |
RepeatMasker, PILER, TEClass, TRF |
進(jìn)化分析軟件 |
STRUCTURE，MEGA， PHYLIP, PAML, |
多態(tài)性檢測 |
SOAPsnp, Samtools, MAQ, GATK |
數(shù)據(jù)庫列表
蛋白數(shù)據(jù)庫 |
Uniprot，KEGG，NR，zebrafish，common carp |
核酸數(shù)據(jù)庫 |
Zebrafish, common carp |
基因組數(shù)據(jù)庫 |
Commoncarp , zebrafish |
數(shù)據(jù)庫信息
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