高性能計算
生物技術研究中心專門搭建了生物信息學平臺, 包括了機架式服務器和集群兩種環境，全部由HP和DELL服務器組成，采用高密度、高可靠、高可用、低功耗的體系結構設計。主要面向基因組分析、轉錄組分析和遺傳育種分析等諸多研究提供高效穩定的計算服務。
目前，生物技術研究中心具有機架式服務器7臺，集群系統1套，盤陣2套共72TB。計算網絡采用40Gbps的InfiniBand 的高性能通信網絡。生物信息學平臺安裝豐富的軟件使用環境，讓數據更方便快捷。
信息學平臺規章制度與相關表格
為確保生物技術研究中心生物信息學平臺（以下簡稱“平臺”）計算資源的合理、高效與規范使用，保證中
心科研工作順利開展，特制定生物技術研究中心生物信息學平臺管理辦法。詳細管理辦法請下載參閱。
為使用中心的生物信息學平臺，新用戶需填寫開戶申請單。因復雜運算需要，如需要申請更多計算資源，請
填寫復雜運算申請表。
服務器
|
處理器 |
內存 |
硬盤 |
機架式服務器 |
4路8核 |
1T |
1T |
機架式服務器 |
4路6核 |
256G |
1T |
機架式服務器 |
2路4核 |
24G |
2T |
機架式服務器 |
2路4核 |
36G |
400G |
集群 |
8X4路8核 |
8X 256G |
8X 600G |
盤陣
|
帶寬 |
硬盤 |
盤陣1 |
1Gbps |
24TB |
盤陣2 |
40Gpbs |
48TB |
軟件列表
|
|
比對軟件 |
Blast, blat, lastz, BWA, SMALT, Bowtie, Mummer, Clustalw, Muscle, SOAP, MAQ, Genewise |
基因組組裝軟件 |
Newbler， SOAPdenovo， ALLPATH-LG, Velvet, CAP3, ABySS, SSPACE, SOPRA，MIP scaffolder, Opera |
轉錄組組裝軟件 |
Trinity， Cufflink， SOAPdenovo-trans |
基因預測 |
AUGUSTUS，EVM，PASA，Glimmer, GenScan, GeneMark |
基因注釋 |
Blast2GO, Interproscan |
重復序列識別軟件 |
RepeatMasker, PILER, TEClass, TRF |
進化分析軟件 |
STRUCTURE，MEGA， PHYLIP, PAML, |
多態性檢測 |
SOAPsnp, Samtools, MAQ, GATK |
數據庫列表
蛋白數據庫 |
Uniprot，KEGG，NR，zebrafish，common carp |
核酸數據庫 |
Zebrafish, common carp |
基因組數據庫 |
Commoncarp , zebrafish |
數據庫信息
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